Trzeci Okres Przejściowy (ok. 1085-656 p.n.e.).
Pod rządami XXI dynastii nastąpił faktyczny rozpad Egiptu na dwa organizmy. Były zatem dwa ośrodki władzy – na północy, w Tanis, gdzie władali potomkowie Smendesa, i na południu, gdzie w Tebach rządzili arcykapłani Amona – następcy Herhora. Obie linie uważały się za prawowitych władców, a określa się ich wspólnym mianem XXI dynastii. Pod koma okresu pojawili się nowi, potężni rządzący. Wywodzący się z Bubastis w Delcie Szeszonk I i jego potomkowie założyli XXII dynastię, zwaną libijską. Między nimi a książętami z Teb, uważającymi się za XXIII dynastię, doszło do wojny domowej, z czego skorzystali południowi sąsiedzi Egiptu, Kuszyci (Nubijczycy), zdobywając na krótko egipski tron i zakładając XXTV dynastię -kuszycką. Sytuacja wewnętrzna skomplikowała się, bo chwilami było kilka ośrodków władzy.
W Tebach władały Boskie Małżonki Amona, kapłanki obdarzone niemal faraońskimi uprawnieniami, które byty najczęściej siostrami lub córkami panujących tak z dynastii libijskiej, jak i kuszyckiej, a swoje następczynie dobierały drogą adopcji. To jeden z najmniej znanych okresów w historii Egiptu, stąd niektórzy kontrowersyjni badacze, jak David Rohl, uważają, że należy go skrócić i w ten sposób zmienić chronologię. Słabość władzy w Egipcie prowokowała sąsiadów do najazdu: nubijski król Pie (Pianchy) zdobył Memfis, a jego brat Szabaka opanował Deltę i ogłosił się władcą całego Egiptu. XXV dynastia – nubijska — skonsolidowała rozpadające się państwo, a Amon znów stał się bogiem państwowym. Z tego okresu przetrwały liczne budowle, jak kiosk Taharki w Karnaku. Tymczasem od północnego wschodu Egiptowi zaczęli zagrażać Asyryjczycy, którzy najechali na kraj, opanowali północ z Memfis i złupili Teby. Nubijski władca opuścił Egipt i uciekł do Nubii. Tak zakończył się Trzeci Okres Przejściowy.
Okres Późny (ok. 565-332 p.n.e.).
W północnym Egipcie wpływy Asyrii zaznaczyły się już w poprzedniej epoce. Część monarchów z Delty uznała jej hegemonię, co trwało do momentu, gdy Asyryjczycy, sami zagrożeni przez najazd Babilończyków, musieli się wycofać.
Ich namiestnik z Sais, Necho I, założył dynastię XXVI – saicką, której władcy świadomie odwoływali się do potęgi Starego Państwa.
To ostatni wielki okres cywilizacji nad Nilem, kiedy wyprawy morskie i żegluga kanałem łączącym Nil z Morzem Czerwonym wyznaczały kierunki przyszłych czasów. Faraonowie wyprawiali się na Bliski Wschód, by pokazać, że jest to teren ich wpływów, co jednak obudziło drzemiącego lwa – Babilończyków. I choć Psametykowi II udało się wzmocnić państwo, kres zbliżał się wielkimi krokami, a prawdziwe niebezpieczeństwo nadciągało z Persji. Amazis, jeden z dowódców Psametyka, przejął władzę od słabego Apriesa i próbował zabezpieczyć kraj przed Persami, ale zawarł niewłaściwe sojusze. Najazd perski w 526 r. p.n.e. zakończył się opanowaniem Egiptu, ale Amazis już tego nic dożył. Tak rozpoczęło się panowanie obcych władców. Królowie perscy zaprowadzili rządy silnej ręki. Uważano ich oficjalnie za egipskich faraonów (XXVII dynastia), bo budowali i restaurowali świątynie, więc ich rządy wywoływały sprzeciw i krwawo tłumione bunty. Za panowania Artakserksesa II z powodu walk wewnętrznych w Persji osłabła władza okupacyjna w Egipcie, z czego skorzystał Amyrtajos z Sais, który wywalczył wolność na 60 łat. Mało wiadomo o tym jedynym przedstawicielu XXVIII dynastii, nawet jego imię tronowe nie jest znane. Jego syn z powodu nieznanych dziś win ojca nie mógł objąć po nim tronu i musiał ustąpić miejsca władcom z Mendes w Delcie (XXIX dynastia), panującym 20 lat, którzy musieli zmagać się z najazdami wojsk perskich. Trudno udowodnić, czy na pewno Nektanebo I, syn wojskowego z Sebennytos, zdobył tron przez polityczny mord. Założył dynastię XXX, panującą w Egipcie aż do 341 r. p.n.e., kiedy to kraj ugiął się pod najazdem perskim. W starciu z Artakserksesem III Nektanebo II poniósł klęskę i wycofał się do Nubii, sądząc, że jeszcze powróci. Zmarł na obczyźnie. W kraju aż do czasu Aleksandra Wielkiego panowali Persowie.
Okres Ptolemejski (330-30 p.n.e.).
Aleksander zdobył Egipt właściwie przy okazji. Potraktowano go jako wybawiciela z niewoli perskiej, a koronacja na faraona była ukłonem w kierunku jego nowych poddanych. Wizyta w wyroczni Amona w Siwie wytyczyła kierunek dalszych podbojów. I choć już nigdy do Egiptu nie wrócił, zostawił po sobie pamiątkę – nowe miasto, Aleksandrię. Do niej sprowadzili się nowi władcy z dynastii Ptolemeuszów, rządzący krajem aż do 30 r. p.n.e., kiedy to Kleopatra VII popełniła samobójstwo. Macedońscy władcy, lepiej lub gorzej zintegrowani z Egiptem, stworzyli nad Nilem państwo, gdzie egipskie tradycje istniały obok helleńskich wpływów. Aleksandria ze swoją biblioteką, nauką, sztuką i literaturą stała się kulturalną stolicą Śródziemnomorza. I choć w połowie II w. p.n.e. królowie egipscy przestali decydować o kierunku polityki zagranicznej, państwo Ptolemeuszów słynęło z bogactwa. Marzenia o potędze, które śniły się Kleopatrze, nie miały szans na realizację, bo karty rozdawał już ktoś inny – Rzym. I nawet pomoc Juliusza Cezara czy Marka Antoniusza nie mogła zawrócić biegu historii.