Mamelucy (1250-1517). Mamelucybyli dowódcami wojskowymi, wywodzącymi się z niewolników z Kaukazu i kipczackich stepów. Przejęli władzę z rąk ajjubidzkich sułtanów i przez niemal 300 lat rządzili nad Nilem. Teoretycznie tron nie był dziedziczny, a następcę wybierano z powodu zasług. Faktycznie władzę przejmowano, wykorzystując spiski i morderstwa poprzedników. Mamelucy pochodzenia tureckiego byli wcielani do oddziału bahrytów – „broniących rzeki”, czyli Nilu, zaś Czerkiesów z Kaukazu dołączano do burdżytów, „broniących cytadeli”.
Dynastię Bahrytów (1250-1382) założył Qalawun, który otruł następców Baybarsa i zdobył tron. Był światłym władcą, potrafiącym zawierać sojusze z władcami Europy, a jednocześnie dbającym o handel z dalekimi Chinami. Jego syn wyparł krzyżowców z ostatniego zamku – Akki (1291). Mohammad al-Nasir (1294-1340), tak jak ojciec był wielkim budowniczym i politykiem. Udało mu się zawrzeć traktat z Mongołami i podtrzymać dobre stosunki z Europą. Konflikty między jego spadkobiercami i frakcjami mameluckimi przyczyniły się do osłabienia państwa.
W 1382 r., kiedy do granic Egiptu zaczął się zbliżać najazd mongolski, władzę w Kairze przechwycił Barquq (1382-1399), wódz wywodzący się z burdżytów. Nałożył on na poddanych ogromne podatki, by sfinansować szybkie zbrojenia. Zrujnowana gospodarka nie mogła dać sobie rady z kolejną klęską głodu i epidemią dżumy za jego syna Faraga (1399-1405), dopiero rządy Barsbeya (Barsbeja; 1422-1437) ustabilizowały nieco sytuację. Chwilową poprawę sytuacji przyniosło panowanie Qajtbeya (Qajtbej; 1468-1495), ale jego zamierzenia budowlane stanowiły zbytnie obciążenie dla niestabilnego budżetu. Sułtan Al-Ghuri (1501-1516) dożył czasów, gdy upadł handel śródziemnomorski – Vasco da Gama opłynął Afrykę od południa. Potencjał państwa opartego na monopolu handlu z Dalekim Wschodem wyczerpał się.
Okres Turków osmańskich (1517-1805). Tymczasem na Egipt ruszyli Turcy osmańscy. Al-Ghuri stanął im na drodze i zginął w bitwie, a jego następca, Tumanbey (Tumanbej), został schwytany i stracony w Kairze w 1517 r. Kraj stał się daleką prowincją Wysokiej Porty. Mimo tureckich władz mamelucy nadal zachowali istotną pozycję w państwie. Zarządcy nosili tytuł paszy i odpowiadali głową za ściąganie podatków i spokój. Kair nadal był ważnym centrum religijnym, kulturalnym i handlowym. Armia złożona z mameluków utrzymywała porządek, a coraz silniejsi dowódcy wojskowi – bejowie – hamowali poczynania paszów. Z biegiem lat Turcja sama stała się kolosem na glinianych nogach i ledwie utrzymywała w całości swoje ogromne terytorium. Na początku XVIII w. Egipt nawiedziły epidemie i klęski żywiołowe. Korupcja zarządców, upadek handlu, zapuszczone kanały nawadniające, nędza rolników, katastrofa miast i miasteczek: tak wyglądał kraj nad Nilem, gdy przybyli do niego europejscy podróżnicy, a po nich Napoleon.
O Egipt rywalizowały Francja i Wielka Brytania, gdyż stał na drodze do Indii. Flota cesarza przybiła w 1798 r. do portu w Aleksandrii, gdzie rewolucyjny wódz jawił się jako wyzwoliciel spod mameluckiego jarzma. Proklamacje zaczynał od słów bismillah („w imię Boga”) i nie odżegnywał się od zamiaru przejścia na islam. Faktycznie chodziło o uspokojenie mieszkańców Egiptu i szybkie i bezkrwawe opanowanie kraju, by potem otworzyć sobie drogę do Indii. Po zwycięstwie w tzw. bitwie pod piramidami i zajęciu Kairu wojska francuskie ruszyły w pogoń za oddziałami mameluckimi na południe. Wraz z wojskiem szli naukowcy, których zabrał Napoleon: notowali, rysowali i szukali zaginionej cywilizacji, inicjując swoistą modę na Egipt. Brytyjczycy wraz z Turkami nie pozwolili spełnić marzeń Napoleona. Pokonani Francuzi musieli się wycofać z Egiptu, pozostawiając wszystkie znaleziska, w tym Kamień z Rosetty (stela z czarnego granitu z inskrypcją wyrytą w 196 r. p.n.e., znaleziona w 1799 r. w czasie wyprawy Napoleona do Egiptu), Brytyjczykom.
Panowanie Mohammeda Alego i jego następców (1804-1914). Gdy Francuzi opuścili Egipt, władzę w kraju przejął oficer wojsk tureckich, Albańczyk z pochodzenia, Mohammed Ali, którego na stanowisku paszy zatwierdził w 1805 r. turecki sułtan. Uważa się go za twórcę nowoczesnego Egiptu. Na początek rozprawił się z mamelukami, których zaprosił na ucztę do cytadeli, a następnie kazał wymordować. Za jego rządów wyremontowano kanały nawadniające, przywracając rolnictwu utracone tereny uprawne, zbudowano także pierwsze zakłady przemysłowe. Said Pasza podpisał zgodę na budowę Kanału Sueskiego, którą zakończono w 1869 r., kiedy u władzy był kedyw Ismail. Niestety, działalność reformatorska wiązała się ze sporymi kosztami i państwo wpadło w ogromne długi. Ismail został zmuszony do sprzedaży swojej części akcji kanału brytyjskiemu rządowi – odtąd Brytyjczycy uzurpowali sobie prawo do decydowania o losach Egiptu.