Epoka rzymska (30 p.n.e.-395). Kiedy wojska Oktawiana wkraczały do Aleksandrii, Kleopatra wiedziała, że skończył się dla Egiptu czas wolności: Roma aeterna rozpoczynała przeszło 400-letnie panowanie nad Nilem. Cesarze władający z dalekiego Rzymu utrzymywali fikcję, że są egipskimi faraonami. Kazali się rzeźbić na ścianach fundowanych przez siebie świątyń, a niekiedy przyjeżdżali na turystyczną wycieczkę szlakiem egipskich zabytków, jak choćby Hadrian czy Septymiusz Sewer. Jednak legiony rzymskie twardą ręką utrzymywały porządek w kraju, a nieliczne bunty tłumiły szybko i skutecznie. Egipt miał dostarczać Rzymowi jedzenia i rozrywki. Kwitła Aleksandria, ale był to jedynie marny cień jej dawnej wspaniałości. W mieście mieszkało wielu Żydów, którzy nie za bardzo zgadzali się z greckimi mieszkańcami miasta. Za Nerona w I w. do Egiptu trafili pierwsi chrześcijanie, w tym św. Marek, założyciel pierwszego biskupstwa w Aleksandrii. Chrześcijaństwo bardzo szybko stało się religią, którą wyznawali nie tylko niewolnicy i Żydzi: pojawili się Koptowie, mający świadomość swego egipskiego dziedzictwa, a jednocześnie przynależności do Chrystusa. Rzym nie mógł się pogodzić z tym, że istnieli poddani cesarza, którzy nie chcieli składać mu hołdu jako państwowemu bogu, stąd brały się prześladowania. Najcięższy okres dla chrześcijan nastał za Dioklecjana (284-305), kiedy zginęło tysiące Koptów. Dopiero edykt tolerancyjny ogłoszony przez Konstantyna Wielkiego w 312 r. zaprowadził chwilowy spokój.
Chrześcijaństwo i panowanie Bizancjum (395-641). Gdy cesarstwo rzymskie w 395 r. podzieliło się na dwa organizmy, Egiptem rządzili cesarze z Konstantynopola, dawnego Bizancjum. Wydawało się, że wreszcie zapanuje spokój, ale niestety, różnice doktrynalne między Kościołem koptyjskim a Kościołem w Konstantynopolu i Rzymie doprowadziły do rozłamu i prześladowań. Bizantyjskie władze traktowały Egipt jako niemal podbitą prowincję, z której trzeba wycisnąć całe bogactwo. Urzędnicza armia Bizantyńczyków tak dała się we znaki Egipcjanom, że zbytnio nie protestowali, gdy w ich granicach pojawili się islamscy wojownicy obiecujący tolerancję, pokój i niższe podatki. Tak w 641 r. Egipt stał się częścią wielkiej ummy muzułmańskiej.
Egipt islamski (od 641 r.). Po zdobyciu Babilonu i Aleksandrii islamski wódz Amr Ibn al-As założył nową stolicę w Fustat. Egipt był tylko jedną z prowincji kalifatu rządzonego z Damaszku i Babilonu: miał dostarczać żywności i żołnierzy. Obietnice tolerancji i pokoju pozostały obietnicami. Arabizacja i islamizacja kraju postępowała z roku na rok, a przyczyniały się do tego przede wszystkim podatki, obciążające najbardziej chrześcijan i Egipcjan. Umajjadzcy, a potem abbasydzcy kalifowie z Bagdadu nie przejmowali się ludem obcej prowincji.
Dynastie Tulunidów i Ichszydytów (868-905; 935-969). W 868 r. abbasydzki zarządca prowincji – Ibn Tulun – ogłosił niepodległość kraju i założył własną dynastię -Tulunidów, która panowała do 905 r. Ustabilizowali oni gospodarkę i przywrócili porządek, jednak niesnaski i morderstwa przyniosły jej upadek, a władza wróciła do Bagdadu. W 935 r. kolejni zarządcy pokusili się o niepodległość: tak zaczęła rządy dynastia Ichszydytów (od ichszid – władca), panująca do 969 r. Nowi władcy postanowili szybko się wzbogacić i obłożyli poddanych wysokimi podatkami. Do tego doszła susza, głód i wybuch powszechnego niezadowolenia, co ułatwiło najazd Fatymidom, szyickiej dynastii z Tunezji.
Dynastia Fatymidów (969-1171). Fatymidzcy kalifowie władali północną Afryką, Sycylią, Syrią i zachodnią Arabią, a ich imperium wydawało się być niepokonane. Wódz Jauhar założył w 969 r. nową stolicę – Al-Qahira (Zwycięska), do której przenieśli się kalifowie z Tunezji (Al-Muizz). Tu wznosili wspaniałe meczety i pałace. Kair utrzymywał kontakty handlowe z Afryką Zachodnią, Indiami, Dalekim Wschodem i Europą, a kalifowie utworzyli potężną armię z najemników.
Kalifowie byli różni: niektórzy wspaniali, prowadzący państwo do rozkwitu, inni szaleni, jak al-Hakim (996-1021), którego działania – w tym zburzenie Bazyliki Grobu Pańskiego w Jerozolimie – wywołały krucjaty. Egipt pod rządami Fatymidów w końcu XI w. zaczął się chylić ku upadkowi. Bałagan w administracji i gospodarce wraz z klęską głodu doprowadził do tego, że Fatymidzi byli zmuszeni oddać Turkom seldżuckim Syrię.
Tymczasem na tereny Palestyny dotarli rycerze I krucjaty (1097-1099), których szczytnym celem było przywrócenie Ziemi Świętej chrześcijaństwu, a realnym – zdobycie nowych terytoriów. Krzyżowcy opanowali wybrzeże palestyńskie, niegdyś część państwa Fatymidów. Kalifowie i krzyżowcy nie walczyli między sobą, a wręcz panowały między nimi niemal braterskie stosunki, dlatego seldżucki sułtan Nur el-Din ruszył na Kair.
Dynastia Ajjubidów (1171-1250). Krewny sułtana, Salah ad-Din al-Ayyubi (Saladyn), po śmierci ostatniego fatymidzkiego kalifa w 1171 r. ustanowił dynastię Ajjubidów (1171-1250).
Ten skromny człowiek o wielkim sercu i umyśle był jednocześnie skutecznym władcą. Jako sułtan większość czasu spędził w Palestynie, walcząc z krzyżowcami o stracone terytoria; zdobył Syrię (1183) i odbił Jerozolimę (1183). Zasłynął jako doskonały mecenas sztuki i nauki (wzniósł m.in. kairską Cytadelę).
Następcy Saladyna, jak choćby al-Kamil (1218-1238), zmagali się z kolejnymi krucjatami. Aby zabezpieczyć państwo przed obcymi najazdami, ostatni ajjubidzki władca – Ayyub (Ajjub; 1240-1249) – utworzył ze specjalnie szkolonych niewolników z rejonu Morza Czarnego ogromną armię. Jego żoną została niewolnica Shagar ad-Durr, która jako sułtanka przejęła władzę po śmierci Ayyuba. Zmuszona do powtórnego małżeństwa z dowódcą wojskowym, zamordowała go. Wkrótce potem zginęła z ręki mameluka Baybarsa (Bajbarsa), który zajął opuszczony tron.