Tretie prechodné obdobie (ok. 1085-656 p.n.e.).
Za vlády 21. dynastie sa Egypt vlastne rozdelil na dva organizmy. Takže existovali dve centrá moci – na severe, v Tanise, kde vládli potomkovia Smendesovi, a na juhu, kde vládli v Thébách veľkňazi Amona – nástupcovia Herhora. Obe línie sa považovali za právoplatných vládcov, a súhrnne sa označujú ako 21. dynastia. V období kómy sa objavili nové, mocní vládcovia. Zdraví z Bubastisu v Delte Sheshonq I. a jeho potomkovia založili dynastiu XXII, volal Líbyjčan. Medzi nimi a kniežatami z Téb, považujúc sa za dynastiu XXIII, bola občianska vojna, čo využili južní susedia Egypta, Kušiti (Núbijci), nakrátko dobyť egyptský trón a založiť dynastiu XXTV-Kuszyce. Vnútorná situácia sa skomplikovala, pretože miestami bolo niekoľko centier moci.
V Tébach vládli Božské manželky Amunove, kňažky obdarené takmer faraónskymi silami, ktoré boli najčastejšie sestrami alebo dcérami vládcov líbyjskej dynastie, a Kuszycka, a ich nástupcovia boli vybraní adopciou. Toto je jedno z najmenej známych období egyptských dejín, teda niektorí kontroverzní výskumníci, ako David Rohl, myslia si, že by sa to malo skrátiť a tým sa zmenila chronológia. Slabosť vlády v Egypte vyprovokovala inváziu jej susedov: Nubian King Pie (Pianchy) dobyl Memphis, a jeho brat Šabaka prevzal Delta a vyhlásil sa za vládcu celého Egypta. 25 dynastie – Núbian - upevnil rozpadajúci sa štát, a Amon sa stal opäť štátnym bohom. Z tohto obdobia sa zachovalo množstvo budov, ako kiosk Taharki v Karnaku. Medzitým bol Egypt ohrozený Asýrčanmi zo severovýchodu, ktorí vtrhli do krajiny, prebrali sever od Memfisu a vyplienili Téby. Núbijský vládca opustil Egypt a utiekol do Núbie. Týmto sa skončilo tretie prechodné obdobie.
Neskoré obdobie (ok. 565-332 p.n.e.).
V severnom Egypte bol asýrsky vplyv poznačený už v predchádzajúcej epoche. Niektorí panovníci z Delty uznali jej hegemóniu, ktorá trvala až do okamihu, keď Asýrčania, samy ohrozené babylonskou inváziou, museli sa stiahnuť.
Ich namiestnik z Sais, Necho ja, založil dynastiu XXVI – saicka, ktorého vládcovia sa zámerne odvolávali na moc Starej ríše.
Toto je posledné veľké obdobie civilizácie na Níle, keď morské výpravy a navigácia po kanáli spájajúcom Níl s Červeným morom udávali smery budúcich časov. Faraóni odišli na Blízky východ, ukázať, že je to oblasť ich vplyvu, ktorý však prebudil driemajúceho leva – Babylončania. A hoci sa Psametiku II podarilo štát posilniť, koniec sa rýchlo blížil, a skutočné nebezpečenstvo prichádzalo z Perzie. Amazi, jeden z veliteľov Psametiku, chopil sa moci slabých Apriesovcov a snažil sa udržať krajinu v bezpečí pred Peržanmi, ale urobil nesprávne spojenectvá. Perzský vpád do 526 r. p.n.e. sa skončilo zajatím Egypta, ale Amaziáni to teraz prežili. Tak sa začala vláda zahraničných vládcov. Perzskí králi zaviedli vládu silných paží. Oficiálne boli považovaní za egyptských faraónov (27 dynastie), lebo stavali a obnovovali chrámy, takže ich vláda vyvolala odpor a krvavé represie. Za vlády Artaxerxa II. Došlo v dôsledku vnútorných bojov v Perzii k oslabeniu okupačnej moci v Egypte, čo využil Amyrtajos zo Saisu, ktorý získal svoju slobodu dňa 60 lat. O tomto jedinom predstaviteľovi dynastie XXVIII sa vie len málo, ani jeho trónne meno nie je známe. Jeho syn pre dnes neznáme chyby jeho otca nemohol nastúpiť po ňom a musel sa poddať vládcom Mendesa v delte (XXIX dynastia), prevládajúci 20 rokov, ktorí sa museli vyrovnať s nájazdmi perzských vojsk. Je ťažké dokázať, si si istý Nektanebo I, syn vojaka zo Sebennytosu, získal trón politickou vraždou. Založil dynastiu XXX, v Egypte prevláda do 341 r. p.n.e., keď krajina podľahla perzskému vpádu. Proti Artaxerxovi III. Bol Nectanebo II porazený a odišiel do Núbie, sedadlo, že sa vráti znova. Zomrel v cudzej krajine. Peržania vládli krajine až do čias Alexandra Veľkého.
Ptolemaiovské obdobie (330-30 p.n.e.).
Alexander zajal Egypt mimochodom. Bol považovaný za záchrancu z perzského zajatia, a korunovácia faraóna bola poklonou jeho novým poddaným. Návšteva Amonovho veštca v Siwe znamenala smer ďalších výbojov. A hoci sa do Egypta nikdy nevrátil, zanechal memento – nové Mesto, Alexandria. Presťahovali sa k nej noví vládcovia dynastie Ptolemaiovcov, vládnucej krajine do 30 r. p.n.e., keď Kleopatra VII spáchala samovraždu. Macedónskych vládcov, lepšie alebo horšie integrované s Egyptom, vytvorili štát na Níle, kde egyptské tradície existovali spolu s helénskymi vplyvmi. Alexandria s knižnicou, veda, umenie a literatúra sa stali kultúrnym hlavným mestom Stredomoria. A hoci v polovici druhého storočia. p.n.e. Egyptskí králi prestali rozhodovať o smerovaní zahraničnej politiky, ptolemaiovský štát bol preslávený svojim bohatstvom. Sny o moci, o ktorej snívala Kleopatra, nemal šancu na implementáciu, pretože karty už rozdal niekto iný – Rím. A ani pomoc Júliusa Cézara alebo Marka Antonyho nemohla zvrátiť chod dejín.