Tredje overgangsperiode (Okay. 1085-656 p.n.e.).
Under styret af det 21. dynasti delte Egypten sig faktisk i to organismer. Så der var to magtcentre – mod nord, i Tanis, hvor Smendes efterkommere styrede, og i syd, hvor ypperstepræsterne i Amun regerede i Theben – efterfølgere af Herhor. Begge linjer betragtede sig som retmæssige herskere, og de betegnes kollektivt som det 21. dynasti. I periodens koma dukkede der nye op, magtfulde herskere. Hyldest fra Bubastis i Delta Sheshonq I og hans efterkommere grundlagde XXII-dynastiet, kaldes libysk. Mellem dem og Thebes fyrster, betragter sig selv som XXIII-dynastiet, der var en borgerkrig, som de sydlige naboer i Egypten udnyttede, Kushitterne (Nubere), kort erobret den egyptiske trone og grundlagt XXTV-Kuszyce-dynastiet. Den interne situation blev kompliceret, fordi der til tider var flere magtcentre.
Amuns guddommelige hustruer regerede i Theben, præstinder udstyret med næsten faraoniske kræfter, som oftest var søstre eller døtre til herskerne fra det libyske dynasti, og Kuszycka, og deres efterfølgere blev valgt ved adoption. Dette er en af de mindst kendte perioder i Egyptens historie, deraf nogle kontroversielle forskere, som David Rohl, de tror, at det skulle afkortes og dermed ændrede kronologien. Regeringen i Egypten svaghed provokerede sine naboer til at invadere: Nubisk King Pie (Pianchy) erobrede Memphis, og hans bror Shabaka overtog Delta og udråbte sig selv som hersker over hele Egypten. 25 dynasti – Nubian - konsoliderede den smuldrende tilstand, og Amon blev igen en statsgud. Talrige bygninger har overlevet fra denne periode, ligesom Taharki-kiosken i Karnak. I mellemtiden blev Egypten truet af assyrerne fra det nordøstlige, der invaderede landet, de overtog nord fra Memphis og fyrede Thebe. Den nubiske hersker forlod Egypten og flygtede til Nubien. Dermed sluttede den tredje overgangsperiode.
Sen periode (Okay. 565-332 p.n.e.).
I det nordlige Egypten var assyrisk indflydelse allerede markeret i en tidligere epoke. Nogle af delta-monarkerne anerkendte dets hegemoni, som varede indtil øjeblikket, når assyrerne, sig selv truet af den babyloniske invasion, de måtte trække sig tilbage.
Deres stedfortræder fra Sais, Necho I, han grundlagde XXVI-dynastiet – saicka, hvis herskere bevidst appellerede til det gamle riges magt.
Dette er den sidste store periode med civilisation på Nilen, når havekspeditioner og sejlads langs kanalen, der forbinder Nilen med Det Røde Hav, sætter retningen for fremtidige tider. Faraoerne gik til Mellemøsten, at vise, at det er deres indflydelsesområde, som dog vækkede den sovende løve – Babylonere. Og selvom Psametik II formåede at styrke staten, slutningen nærmede sig hurtigt, og den virkelige fare kom fra Persien. Amazier, en af kommandørerne for Psametik, greb magten fra de svage Apries og forsøgte at holde landet sikkert fra perserne, men han lavede de forkerte alliancer. Persisk invasion af 526 r. p.n.e. sluttede med erobringen af Egypten, men Amazis har gennemlevet det nu. Således begyndte regeringen for udenlandske herskere. De persiske konger indførte stærk-arm-styre. De blev officielt betragtet som egyptiske faraoer (27 dynasti), for de byggede og restaurerede templerne, så deres styre fremkaldte modstand og blodig undertrykkelse. Under Artaxerxes IIs regeringstid blev besættelsesmagten i Egypten svækket på grund af interne kampe i Persien, som Amyrtajos fra Sais benyttede sig af, der vandt sin frihed den 60 lats. Man ved ikke meget om denne eneste repræsentant for XXVIII-dynastiet, selv hans tronavn er ukendt. Hans søn, på grund af sin fars ukendte fejl i dag, kunne ikke efterfølge ham og måtte give efter for herskerne over Mendes i deltaet (XXIX dynastia), fremherskende 20 flere år, der havde at gøre med invasionerne af persiske tropper. Det er svært at bevise, er du sikker på, at Nektanebo I, søn af en soldat af Sebennytos, vandt tronen ved politisk mord. Han grundlagde XXX-dynastiet, fremherskende i Egypten op til 341 r. p.n.e., da landet bukkede under for den persiske invasion. Mod Artaxerxes III blev Nectanebo II besejret og trak sig tilbage til Nubia, sæde, at han stadig ville komme tilbage. Han døde i et fremmed land. Perserne styrede landet indtil Alexander den Store tid.
Ptolemaisk periode (330-30 p.n.e.).
Alexander erobrede Egypten faktisk forresten. Han blev behandlet som en frelser fra persisk fangenskab, og Faraos kroning var en bue for hans nye undersåtter. Besøget på oraklet Amon i Siwa markerede retningen for yderligere erobringer. Og skønt han aldrig vendte tilbage til Egypten, han efterlod et mindesmærke – ny by, Alexandria. De nye herskere i det ptolemæanske dynasti flyttede til hende, regerer landet op til 30 r. p.n.e., da Cleopatra VII begik selvmord. Makedonske herskere, bedre eller dårligere integreret med Egypten, de skabte en stat på Nilen, hvor egyptiske traditioner eksisterede sammen med hellenske påvirkninger. Alexandria med dets bibliotek, videnskab, kunst og litteratur er blevet Middelhavets kulturelle hovedstad. Og skønt i midten af det andet århundrede. p.n.e. Egyptiske konger holdt op med at beslutte, hvilken retning udenrigspolitikken skulle have, den ptolemæiske stat var berømt for sin rigdom. Drømme om magt, som Cleopatra drømte om, havde ingen chance for implementering, fordi en anden allerede havde uddelt kortene – Rom. Og selv hjælp fra Julius Caesar eller Mark Antony kunne ikke vende historiens gang tilbage.