Kolmas siirtymäkausi (ok. 1085-656 p.n.e.).
21. dynastian vallan alla Egypti hajosi itse asiassa kahteen organismiin. Joten vallan keskuksia oli kaksi – pohjoisessa, Tanisissa, missä Smendesin jälkeläiset hallitsivat, ja etelässä, missä Amunin ylipapit hallitsivat Thebassa – Herhorin seuraajat. Molemmat linjat pitivät itseään laillisina hallitsijoina, ja heitä kutsutaan yhdessä 21. dynastiaksi. Kauden koomassa ilmestyi uusia, voimakkaita hallitsijoita. Bubastiksesta kotoisin oleva Delta Sheshonq I ja hänen jälkeläisensä perustivat XXII-dynastian, nimeltään Libyan. Heidän ja Theban ruhtinaiden välillä, pitävät itseään XXIII-dynastiana, käytiin sisällissota, jota Egyptin eteläiset naapurit käyttivät hyväkseen, Kushilaiset (Nuubialaiset), valloitti hetkeksi Egyptin valtaistuimen ja perusti XXTV-Kuszyce-dynastian. Sisäinen tilanne muuttui monimutkaiseksi, koska ajoittain oli useita valtakeskuksia.
Amunin jumalalliset vaimot hallitsivat Thebassa, melkein faaraonvoimalla varustetut papittaret, jotka olivat useimmiten Libyan dynastian hallitsijoiden sisaria tai tyttäriä, ja Kuszycka, ja heidän seuraajansa valittiin adoptiolla. Tämä on yksi vähiten tunnetuista kausista Egyptin historiassa, Jotkut kiistanalaiset tutkijat, hahmona David Rohl, he ajattelevat, että sitä tulisi lyhentää ja siten kronologiaa muuttaa. Egyptin hallituksen heikkous sai naapurit hyökkäämään: Nubian King Pie (Pianchy) valloitti Memphisin, ja hänen veljensä Shabaka otti Deltan haltuunsa ja julisti itsensä koko Egyptin hallitsijaksi. 25 dynastia – Nuubialainen - vakiinnuttanut murenevan tilan, ja Amonista tuli jälleen valtionjumala. Tästä ajasta on säilynyt lukuisia rakennuksia, kuten Taharkin kioski Karnakissa. Samaan aikaan assyrialaiset uhkasivat Egyptiä koillisesta, jotka hyökkäsivät maahan, he ottivat haltuunsa Memphisin pohjoisosan ja potkut Theban. Nuubian hallitsija lähti Egyptistä ja pakeni Nubiaan. Kolmas väliaika päättyi näin.
Myöhäinen aika (ok. 565-332 p.n.e.).
Pohjois-Egyptissä Assyrian vaikutus oli merkittävä jo edellisessä aikakaudessa. Jotkut Deltan hallitsijoista tunnistivat sen hegemonian, joka kesti tähän hetkeen, kun assyrialaiset, itse uhkaa Babylonian hyökkäys, heidän täytyi vetäytyä.
Heidän sijaisensa Saisista, Necho I, hän perusti XXVI-dynastian – saicka, jonka hallitsijat vetoavat tarkoituksella Vanhan kuningaskunnan valtaan.
Tämä on viimeinen suuri sivilisaation aika Niilillä, kun meriretket ja navigointi pitkin kanavaa, joka yhdistää Niilin Punaisenmeren kanssa, asettavat tulevaisuuden aikojen suunnat. Faraot menivät Lähi-itään, näyttää, että se on heidän vaikutusalue, joka kuitenkin herätti nukkuvan leijonan – Babylonialaiset. Ja vaikka Psametik II onnistui vahvistamaan valtiota, loppu lähestyi nopeasti, ja todellinen vaara oli peräisin Persiasta. Amazis, yksi Psametikin komentajista, tarttui valtaan heikoille Apriesille ja yritti pitää maata turvassa persialaiselta, mutta hän teki väärät liittoutumat. Persian hyökkäys 526 r. p.n.e. päättyi Egyptin kaappaamiseen, mutta Amazis on kokenut sen nyt. Näin alkoi ulkomaisten hallitsijoiden hallituskausi. Persian kuninkaat esittivät vahvojen käsivarsien hallinnan. Heitä pidettiin virallisesti egyptiläisinä faraoina (27 dynastia), sillä he rakensivat ja palauttivat temppeleitä, joten heidän hallintonsa herätti vastustusta ja veristä tukahduttamista. Artaxerxes II: n hallituskaudella Egyptin miehitysvalta heikkeni Persian sisäisten kamppailujen vuoksi, jota Saisin Amyrtajos hyödynsi, joka voitti vapautensa 60 lattiaa. Tästä ainoasta XXVIII-dynastian edustajasta tiedetään vähän, edes hänen valtaistuimensa on tuntematon. Hänen poikansa isänsä virheiden takia, joita ei tiedetä tänään, ei voinut seurata häntä ja joutui alistumaan Mendesin hallitsijoille Deltaan (XXIX dynastia), vallitsevaa 20 vuotta, joiden oli käsiteltävä persialaisten joukkojen hyökkäyksiä. On vaikea todistaa, oletko varma Nektanebo I, Sebennytosin sotilaan poika, voitti valtaistuimen poliittisella murhalla. Hän perusti XXX-dynastian, vallitsevat Egyptissä jopa 341 r. p.n.e., kun maa alistui persialaisten hyökkäykseen. Artaxerxes III: ta vastaan Nectanebo II voitettiin ja vetäytyi Nubiaan, istuin, että hän palaa vielä takaisin. Hän kuoli vieraassa maassa. Persialaiset hallitsivat maata Aleksanteri Suuren aikaan saakka.
Ptolemaattinen jakso (330-30 p.n.e.).
Aleksanteri valloitti Egyptin itse asiassa muuten. Häntä kohdeltiin Persian vankeudesta pelastajana, ja faraon kruunajaiset kumartivat hänen uusia aiheitaan. Vierailu Amonin oraakkeliin Siwassa merkitsi uusien valloitusten suuntaa. Ja vaikka hän ei koskaan palannut Egyptiin, hän jätti muiston – uusi kaupunki, Aleksandria. Ptolemaioksen dynastian uudet hallitsijat muuttivat hänen luokseen, hallitsevat maata jopa 30 r. p.n.e., kun Kleopatra VII teki itsemurhan. Makedonian hallitsijat, paremmin tai huonommin integroitu Egyptin kanssa, he loivat valtion Niilille, missä egyptiläiset perinteet olivat olemassa kreikkalaisten vaikutteiden rinnalla. Aleksandria ja sen kirjasto, tiede, taiteesta ja kirjallisuudesta on tullut Välimeren kulttuuripääkaupunki. Ja vaikka toisen vuosisadan puolivälissä. p.n.e. Egyptin kuninkaat lakkasivat päättämästä ulkopolitiikan suunnasta, Ptolemaioksen valtio oli kuuluisa varallisuudestaan. Unelmia vallasta, josta Kleopatra unelmoi, ei ollut mahdollisuutta toteuttaa, koska joku muu oli jo jakanut kortit – Rooma. Ja edes Julius Caesarin tai Mark Antonyn apu ei voinut kääntää historiaa.