Egyptissä vallitsee neljän tyyppinen ilmasto: Välimeren rannikolla lähellä Aleksandriaa, puoliaavikko lähellä Kairoa, leuto pitkin Niilin laaksoa ja aavikkoa maan eteläosassa.
Suurimmalla osalla maata on erittäin kuiva ilmasto, trooppinen, ja jos ei olisi Niiliä, Egypti olisi aavikko ja melkein asumaton maa. Vuotuinen sademäärä ei yleensä ylitä useita kymmeniä millimetrejä, Se tuskin sataa koskaan Kairosta etelään, ja vain Siinain alueella on lyhyitä, vaikkakin rankkasateita.
Tuhansia vuosia Egyptissä kehitetty keinotekoinen kastelujärjestelmä lisää merkittävästi peltoalaa ja sen ansiosta se ulottuu jokea pitkin lähes pituudeltaan 3000 kilometriä vihreää, loistava keidas. W 1970 Vuonna 2014 kastelujärjestelmää laajennettiin luomalla pado Niilille Aswaniin, keinotekoinen säiliö ja vesivoimala.
Niilin laakson ulkopuolella ilmasto on kuitenkin erittäin epäystävällinen ihmisille, puolella (toukokuusta lokakuuhun) se on kuuma ja kuiva, usein jyrkillä lämpötilan laskuilla yöllä, ja keväällä (Huhtikuu kesäkuu) puhaltaa kuumana, epämiellyttävä aavikon tuulituuli, kuljettaa autiomaa pölyä ja hiekkamyrskyjä. Vain talvelle on ominaista siedettävä lämpötila, jotka tammikuussa ovat noin 12-14 st. C, jopa voimakas lumisade esiintyy Niilin suistossa ja pohjoisrannikolla.
Turisteille paras aika vierailla Egyptissä on loka-marraskuu ja maalis-kesäkuu, vaikka suotuisin sää on marraskuun ja helmikuun välillä. Niin monet ihmiset tulevat kuitenkin Egyptiin talvi- ja kesälomien aikana, että silloin on vaikea löytää itsesi tästä valtavasta joukosta ja kulttuurimonumenttien vierailu lakkaa olemasta ilo. Myöhäinen syksy ja aikaisin kevät tarjoavat eniten mahdollisuuksia rauhalliseen lepoon ja ilmaisiin maan nähtävyyksiin, ja sitten lämpötila on edelleen melko siedettävä.