Třetí přechodné období (OK. 1085-656 p.n.e.).
Pod vládou 21. dynastie se Egypt vlastně rozdělil na dva organismy. Existovala tedy dvě centra moci – na severu, v Tanisu, kde vládli potomci Smendes, a na jihu, kde vládli v Thébách Amunovi velekněží – nástupci Herhora. Obě linie se považovaly za právoplatné vládce, a jsou souhrnně označováni jako 21. dynastie. V období komatu se objevily nové, mocní vládci. Zdraví z Bubastis v Delta Sheshonq I a jeho potomci založili dynastii XXII, volal libyjský. Mezi nimi a knížaty Théby, považujíce se za dynastii XXIII, došlo k občanské válce, což využili jižní sousedé Egypta, Kušité (Núbijci), krátké dobytí egyptského trůnu a založení dynastie XXTV-Kuszyce. Vnitřní situace se komplikovala, protože občas existovalo několik center moci.
V Thébách vládly Amonské božské manželky, kněžky obdařené téměř faraonskými schopnostmi, což byly nejčastěji sestry nebo dcery vládců libyjské dynastie, a Kuszycka, a jejich nástupci byli vybráni adopcí. Toto je jedno z nejméně známých období v egyptské historii, proto někteří kontroverzní vědci, jak David Rohl, oni si myslí, že by to mělo být zkráceno a tím se změnila chronologie. Slabost vlády v Egyptě vyprovokovala jeho sousedy k invazi: Nubian King Pie (Pianchy) dobyl Memphis, a jeho bratr Šabaka převzal Delta a prohlásil se za vládce celého Egypta. 25 dynastie – Nubian - upevnil rozpadající se stav, a Amon se stal opět státním bohem. Z tohoto období se zachovalo mnoho budov, jako kiosk Taharki v Karnaku. Mezitím byl Egypt ohrožován Asyřany ze severovýchodu, kdo napadl zemi, převzali sever od Memphisu a vyplenili Théby. Núbijský vládce opustil Egypt a uprchl do Núbie. Tím skončilo třetí přechodné období.
Pozdní období (OK. 565-332 p.n.e.).
V severním Egyptě byl asyrský vliv poznamenán již v předchozí epochě. Někteří z panovníků Delta uznali jeho hegemonii, který trval až do okamžiku, když Asyřané, sami ohroženi babylonskou invazí, museli se stáhnout.
Jejich namiestnik z Sais, Necho já, založil dynastii XXVI – saicka, jehož vládci se záměrně odvolávali na moc Staré říše.
Toto je poslední velké období civilizace na Nilu, když námořní expedice a navigace podél kanálu spojujícího Nil s Rudým mořem udávaly směry budoucích časů. Faraoni šli na Střední východ, ukázat, že je to oblast jejich vlivu, který však probudil spícího lva – Babyloňané. A ačkoli se Psametiku II podařilo stát posílit, konec se rychle blížil, a skutečné nebezpečí přicházelo z Persie. Amazi, jeden z velitelů Psametik, chopil se moci slabých Apriesů a snažil se udržet zemi v bezpečí před Peršany, ale udělal špatná spojenectví. Perská invaze do 526 r. p.n.e. skončilo dobytím Egypta, ale Amazis to nyní prožil. Tak začala vláda zahraničních vládců. Perskí králové zavedli vládu silných paží. Byli oficiálně považováni za egyptské faraony (27 dynastie), neboť stavěli a obnovovali chrámy, takže jejich vláda vyvolala odpor a krvavé represe. Za vlády Artaxerxe II. Došlo v důsledku vnitřních bojů v Persii k oslabení okupační moci v Egyptě, což Amyrtajos ze Saisu využil, kdo získal svou svobodu 60 lat. O tomto jediném představiteli dynastie XXVIII je známo jen málo, ani jeho trůnové jméno není známo. Jeho syn kvůli dnes neznámým chybám svého otce nemohl následovat po něm a musel podlehnout vládcům Mendese v deltě (XXIX dynastie), převládající 20 let, kteří se museli vypořádat s nájezdy perských vojsk. Je těžké dokázat, jste si jistý, Nektanebo I, syn vojáka Sebennytose, získal trůn politickou vraždou. Založil dynastii XXX, převládající v Egyptě až 341 r. p.n.e., když země podlehla perské invazi. Proti Artaxerxovi III byl Nectanebo II poražen a odešel do Núbie, sedadlo, že se znovu vrátí. Zemřel v cizí zemi. Peršané vládli zemi až do doby Alexandra Velikého.
Ptolemaiovské období (330-30 p.n.e.).
Mimochodem, Alexander zajal Egypt. Bylo s ním zacházeno jako s zachráncem z perského zajetí, a korunovace faraóna byla úklonou jeho novým poddaným. Návštěva Amonova věštce v Siwě znamenala směr dalších výbojů. A přestože se do Egypta nikdy nevrátil, nechal upomínku – nové Město, Alexandrie. Noví vládci dynastie Ptolemaiovců se k ní přestěhovali, vládnoucí zemi až 30 r. p.n.e., když Kleopatra VII spáchala sebevraždu. Makedonští vládci, lepší nebo horší integrace s Egyptem, vytvořili stát na Nilu, kde egyptské tradice existovaly vedle helénských vlivů. Alexandrie s knihovnou, Věda, umění a literatura se staly hlavním městem Středomoří. A ačkoli v polovině druhého století. p.n.e. Egyptští králové přestali rozhodovat o směru zahraniční politiky, stát Ptolemaiovců byl známý svým bohatstvím. Sny o moci, o kterém Kleopatra snila, neměl šanci na implementaci, protože karty už rozdal někdo jiný – Řím. A dokonce ani pomoc Julia Caesara nebo Marka Antonia nemohla zvrátit běh dějin.