Tredje overgangsperiode (ok. 1085-656 p.n.e.).
Under styret til det 21. dynastiet delte Egypt seg faktisk i to organismer. Så det var to maktsentre – i nord, i Tanis, hvor etterkommerne av Smendes hersket, og i sør, der yppersteprestene i Amun hersket i Theben – etterfølgere av Herhor. Begge linjene betraktet seg som rettmessige herskere, og de blir samlet referert til som det 21. dynastiet. I periodens koma dukket det opp nye, mektige herskere. Hilsen fra Bubastis i Delta Sheshonq I og hans etterkommere grunnla XXII-dynastiet, kalt libysk. Mellom dem og Thebes fyrster, vurderer seg selv XXIII-dynastiet, det var en borgerkrig, som de sørlige naboene i Egypt benyttet seg av, Kushittene (Nubere), kort erobret den egyptiske tronen og grunnlagt XXTV-Kuszyce-dynastiet. Den interne situasjonen ble komplisert, fordi det til tider var flere maktsentre.
De guddommelige kvinnene til Amun regjerte i Theben, prestinner utstyrt med nesten faraoniske krefter, som oftest var søstre eller døtre til herskerne i det libyske dynastiet, og Kuszycka, og deres etterfølgere ble valgt ved adopsjon. Dette er en av de minst kjente periodene i Egyptens historie, derav noen kontroversielle forskere, som David Rohl, de tror, at den skulle forkortes og dermed endret kronologien. Svakheten til regjeringen i Egypt provoserte naboene til å invadere: Nubian King Pie (Pianchy) erobret Memphis, og hans bror Shabaka overtok Delta og utropte seg selv til hersker over hele Egypt. 25-dynastiet – Nubian - konsoliderte den smuldrende staten, og Amon ble en statsgud igjen. Mange bygninger har overlevd fra denne perioden, som Taharki-kiosken i Karnak. I mellomtiden ble Egypt truet av assyrerne fra Nordøst, som invaderte landet, de tok over nord fra Memphis og sparket Thebe. Den nubiske herskeren forlot Egypt og flyktet til Nubia. Dermed endte den tredje overgangsperioden.
Sen periode (ok. 565-332 p.n.e.).
I Nord-Egypt ble assyrisk innflytelse allerede markert i en tidligere epoke. Noen av deltakongene anerkjente dens hegemoni, som varte til øyeblikket, når assyrerne, seg selv truet av den babyloniske invasjonen, de måtte trekke seg.
Deres stedfortreder fra Sais, Necho jeg, han grunnla XXVI-dynastiet – saicka, hvis herskere bevisst appellerte til makten i det gamle riket.
Dette er den siste store sivilisasjonsperioden på Nilen, når sjøekspedisjoner og navigering langs kanalen som forbinder Nilen med Rødehavet, setter retning for fremtidige tider. Faraoene dro til Midt-Østen, å vise, at det er deres influensområde, som imidlertid vekket den slumrende løven – Babylonere. Og selv om Psametik II klarte å styrke staten, slutten nærmet seg raskt, og den virkelige faren kom fra Persia. Amazier, en av sjefene for Psametik, grep makten fra de svake Apries og prøvde å holde landet trygt fra perserne, men han inngikk feil allianser. Persisk invasjon av 526 r. p.n.e. endte med erobringen av Egypt, men Amazis har levd gjennom det nå. Dermed begynte regjeringen til utenlandske herskere. De persiske kongene innførte styre med sterk arm. De ble offisielt ansett som egyptiske faraoer (27-dynastiet), for de bygde og restaurerte templene, så deres styre provoserte motstand og blodig undertrykkelse. Under Artaxerxes IIs regjeringstid ble okkupasjonsmakten i Egypt svekket på grunn av interne kamper i Persia, som Amyrtajos fra Sais benyttet seg av, som vant sin frihet på 60 lats. Lite er kjent om denne eneste representanten for XXVIII-dynastiet, til og med tronnavnet hans er ukjent. Hans sønn, på grunn av farens ukjente feil i dag, kunne ikke lykkes med ham og måtte gi etter for herskerne over Mendes i deltaet (XXIX dynastia), rådende 20 år, som måtte takle invasjonene til persiske tropper. Det er vanskelig å bevise, er du sikker på at Nektanebo jeg, sønn av en soldat av Sebennytos, vant tronen ved politisk drap. Han grunnla XXX-dynastiet, rådende i Egypt opp til 341 r. p.n.e., da landet bukket under for den persiske invasjonen. Mot Artaxerxes III ble Nectanebo II beseiret og trukket seg tilbake til Nubia, sete, at han fortsatt ville komme tilbake. Han døde i et fremmed land. Perserne styrte landet til Alexander den Stores tid.
Ptolemaisk periode (330-30 p.n.e.).
Alexander erobret Egypt faktisk forresten. Han ble behandlet som en frelser fra persisk fangenskap, og faraos kroning var en bue for hans nye undersåtter. Besøket til oraklet Amon i Siwa markerte retningen for ytterligere erobringer. Og selv om han aldri kom tilbake til Egypt, han etterlot et minnesmerke – ny by, Alexandria. De nye herskerne fra det ptolemaiske dynastiet flyttet til henne, styrer landet opp til 30 r. p.n.e., da Cleopatra VII begikk selvmord. Makedonske herskere, bedre eller verre integrert med Egypt, de opprettet en stat på Nilen, der egyptiske tradisjoner eksisterte ved siden av hellenske påvirkninger. Alexandria med biblioteket, vitenskap, kunst og litteratur har blitt den kulturelle hovedstaden i Middelhavet. Og selv om det var i midten av det andre århundre. p.n.e. Egyptiske konger sluttet å bestemme retningen for utenrikspolitikken, den Ptolemaiske staten var kjent for sin rikdom. Drømmer om makt, som Cleopatra drømte om, hadde ingen sjanse til implementering, fordi noen andre allerede hadde delt ut kortene – Roma. Og til og med hjelpen fra Julius Caesar eller Mark Antony kunne ikke gjøre historiens gang tilbake.